MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 plasmid pRahaq203

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017092	AC	3	6	252	257	50 %	0 %	0 %	50 %	383192419
2	NC_017092	TCT	2	6	262	267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383192419
3	NC_017092	GGA	2	6	268	273	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383192419
4	NC_017092	GC	3	6	374	379	0 %	0 %	50 %	50 %	383192419
5	NC_017092	ATC	2	6	467	472	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192419
6	NC_017092	AC	3	6	515	520	50 %	0 %	0 %	50 %	383192419
7	NC_017092	CTG	2	6	540	545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383192419
8	NC_017092	CCA	2	6	1542	1547	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192420
9	NC_017092	TTTC	2	8	1583	1590	0 %	75 %	0 %	25 %	383192420
10	NC_017092	CCT	2	6	1673	1678	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383192420
11	NC_017092	CTG	2	6	1686	1691	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383192420
12	NC_017092	AAC	2	6	1838	1843	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383192420
13	NC_017092	TAA	2	6	1862	1867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383192420
14	NC_017092	GTT	3	9	4123	4131	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383192421
15	NC_017092	TCA	2	6	4185	4190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192421
16	NC_017092	AGA	2	6	4325	4330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383192421
17	NC_017092	A	6	6	4404	4409	100 %	0 %	0 %	0 %	383192421
18	NC_017092	ATC	2	6	4454	4459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192421
19	NC_017092	A	6	6	4482	4487	100 %	0 %	0 %	0 %	383192421
20	NC_017092	TCA	2	6	4653	4658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192421
21	NC_017092	ATA	2	6	4713	4718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383192421
22	NC_017092	AGTC	2	8	4732	4739	25 %	25 %	25 %	25 %	383192421
23	NC_017092	ATCT	2	8	4753	4760	25 %	50 %	0 %	25 %	383192421
24	NC_017092	ATA	2	6	4812	4817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383192421
25	NC_017092	TCT	2	6	4934	4939	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383192422
26	NC_017092	TCT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383192422
27	NC_017092	AAC	2	6	5019	5024	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383192422
28	NC_017092	GGA	2	6	5029	5034	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383192422
29	NC_017092	CAT	2	6	5050	5055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192422
30	NC_017092	CTTCTA	2	12	5103	5114	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383192422
31	NC_017092	GTT	2	6	5125	5130	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383192422
32	NC_017092	AAT	2	6	5132	5137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383192422
33	NC_017092	CAT	2	6	5194	5199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192422
34	NC_017092	CTATA	2	10	5215	5224	40 %	40 %	0 %	20 %	383192422
35	NC_017092	ACTCA	2	10	5225	5234	40 %	20 %	0 %	40 %	383192422
36	NC_017092	T	6	6	5307	5312	0 %	100 %	0 %	0 %	383192422
37	NC_017092	ATG	2	6	5338	5343	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192422
38	NC_017092	T	6	6	5366	5371	0 %	100 %	0 %	0 %	383192422
39	NC_017092	AC	3	6	5404	5409	50 %	0 %	0 %	50 %	383192422
40	NC_017092	TCA	2	6	5421	5426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192422
41	NC_017092	GAT	2	6	5427	5432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192422
42	NC_017092	CAT	2	6	5443	5448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192422
43	NC_017092	CCT	2	6	5559	5564	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383192422
44	NC_017092	ACA	2	6	5611	5616	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383192422
45	NC_017092	ACTA	2	8	5691	5698	50 %	25 %	0 %	25 %	383192422
46	NC_017092	TTAT	2	8	5709	5716	25 %	75 %	0 %	0 %	383192423
47	NC_017092	AGA	2	6	5737	5742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383192423
48	NC_017092	CAC	2	6	5782	5787	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192423
49	NC_017092	AT	3	6	5850	5855	50 %	50 %	0 %	0 %	383192423
50	NC_017092	ACC	2	6	6029	6034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192423
51	NC_017092	T	6	6	6050	6055	0 %	100 %	0 %	0 %	383192423
52	NC_017092	T	8	8	6069	6076	0 %	100 %	0 %	0 %	383192423
53	NC_017092	ATT	2	6	6084	6089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383192423
54	NC_017092	A	7	7	6101	6107	100 %	0 %	0 %	0 %	383192423
55	NC_017092	T	6	6	6168	6173	0 %	100 %	0 %	0 %	383192423
56	NC_017092	T	6	6	6175	6180	0 %	100 %	0 %	0 %	383192423
57	NC_017092	A	9	9	6184	6192	100 %	0 %	0 %	0 %	383192423
58	NC_017092	TGA	3	9	6207	6215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192423
59	NC_017092	TATG	2	8	6285	6292	25 %	50 %	25 %	0 %	383192423
60	NC_017092	ACA	2	6	6306	6311	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383192423
61	NC_017092	TTG	2	6	6318	6323	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383192423
62	NC_017092	TGG	2	6	6330	6335	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383192423
63	NC_017092	TAT	2	6	6341	6346	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383192423
64	NC_017092	AATA	2	8	6353	6360	75 %	25 %	0 %	0 %	383192423
65	NC_017092	TAT	2	6	6362	6367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383192423
66	NC_017092	CG	3	6	6389	6394	0 %	0 %	50 %	50 %	383192423
67	NC_017092	TGC	2	6	6406	6411	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383192423
68	NC_017092	TA	3	6	6488	6493	50 %	50 %	0 %	0 %	383192423
69	NC_017092	GAT	2	6	6555	6560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192423
70	NC_017092	GCAA	2	8	7187	7194	50 %	0 %	25 %	25 %	383192424
71	NC_017092	CGC	2	6	7259	7264	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192424
72	NC_017092	ATC	2	6	7317	7322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192424
73	NC_017092	A	7	7	7395	7401	100 %	0 %	0 %	0 %	383192424
74	NC_017092	GCT	2	6	7711	7716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383192425
75	NC_017092	TTTC	2	8	7730	7737	0 %	75 %	0 %	25 %	383192425
76	NC_017092	CGC	2	6	7746	7751	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192425
77	NC_017092	CGC	2	6	7809	7814	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192425
78	NC_017092	GCC	3	9	7819	7827	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192425
79	NC_017092	ATC	2	6	7849	7854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192425
80	NC_017092	AGCG	2	8	7857	7864	25 %	0 %	50 %	25 %	383192425
81	NC_017092	ACC	2	6	7871	7876	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192425
82	NC_017092	CGC	2	6	8182	8187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192426
83	NC_017092	CAC	2	6	8240	8245	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192426
84	NC_017092	CCT	2	6	8265	8270	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383192426
85	NC_017092	TGA	2	6	8283	8288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192426
86	NC_017092	ACG	2	6	8296	8301	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383192426
87	NC_017092	T	7	7	8315	8321	0 %	100 %	0 %	0 %	383192426
88	NC_017092	TTC	2	6	8328	8333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383192426
89	NC_017092	CCG	2	6	8345	8350	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192426

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.